Корень событий, имевших место в Индонезии в 1965 году, которые именуются в историографии то путчем, то переворотом, то расправой, лежит, по-видимому, в жесткой конкуренции военного истеблишмента и местной компартии, ПКИ в условиях весьма авторитарного правления президента Сукарно, который проводил курс лавирования. Коммунисты, тогда явно сильнейшая и самая сплоченная политическая организация страны, лоббировали организацию "пятой силы", вооруженных отрядов самообороны в дополнение к трем бранчам армии и полиции, и перспективу введения политкомиссаров в армейскую структуру, с чем Сукарно в речи на день независимости согласился.
В ночь с 30 сентября на 1 октября внезапно выступили 530-й батальон дивизии "Бравиджайя" с Восточной Явы и 454-й батальон дивизии "Дипонегоро" с Центральной, офицеры которых были известны своими "левыми" взглядами и симпатиями к коммунистам. Военные и вышедшие на улицы активисты молодежной организации КПИ той же ночью, около 3:30, арестовали шестерых крупных военачальников прямо в их домах, вытащив из кроватей; троих расстреляли на месте ареста, прочих доставили в окрестности Джакарты в место под названием Лубанг Буайя (Крокодилова Дыра), близ авиабазы Халим, и там расстреляли, побросав тела в воду. В списке на расстрел фигурировали также генерал Сухарто и генерал Насутион, но первый дома отсутствовал, поскольку ездил накануне навестить больного друга, а второй сумел сбежать через задний ход, сломав по ходу дела ногу.
В 5:00 530-й и 454-й окружили дворец президента и радиостанцию, в 7:00 1 октября по радио выступил начальник гвардейского батальона "Чакравирава" по охране президентского дворца подполковник Унтунг (известный тем, что стал первым парашютистом, высадившимся в Западном Ириане) объявил, что берет на себя защиту президента от "продажных генералов на жаловании у ЦРУ, собирающихся учинить мятеж" 5 октября, и власть в стране переходит к Революционному совету, во главе которого зампремьера Субандрио, а в составе совета три члена ПКИ. Назывались в числе членов кабинета еще четыре активиста из Надхатул Улама, но сами они отрицали свою причастность.
В 9:15 о происходящем стало известно Сухарто, в 13:00 он отдал верным частям приказ приступить к ответным мерам, которые предпринимались силами дивизии "Силиванги" и частям ВДВ. Лоялисты, почти не встретив сопротивления, поставили под контроль Джакарту, разогнав оппонентов и отбив все занятые прежде здания, так что к 19:00 все было кончено. Унтунг бежал из города, но был арестован вскоре и потом казнен. Сухарто вслед за усмирением Джакарты провозгласил ЧП, объявил ПКИ вне закона и приказал принять против нее меры. Сама компартия пребывала в полном ступоре и абсолютно неадекватно реагировала на происходящее. Утром 2 октября газета ПКИ вышла с заявлением, что всецело поддерживает и одобряет действия Революционного совета, и предприятие Унтунга считает "прогрессивным и революционным шагом, направленным на защиту Сукарно от заговора реакционных генералов". В целом же все дело объявлялось внутренним делом армии. Партия была, видимо, в некоторой стадии подготовки. От захваченных членов молодежной организации выяснено, что сторонники ПКИ с июля тренировались обращению с оружием, вплоть до противотанковых базук, формально для участия в "конфронтаси"; еще 29.9 на собрании молодежи ПКИ в присутствии Сукарно Айдит требовал запретить мусульманских радикалов, и присовокупил "это то дело, которое мы можем сделать сами; а если не можем, то лучше нам всем надеть саронг". ПКИ, похоже, планировала мероприятие на какое-то другое время или другие обстоятельства, поскольку даже не собрала ЦК для принятия резолюции и не дала никаких указаний своим членам на местах. Действия собственно лидеров партии – Айдита и всех остальных – выглядят как действия крайне растерянных людей. Не приняв никакого решения, лидер ПКИ поехал было в Йогьякарту, оттуда почему-то на военную авиабазу, где упрашивал начальство дать ему самолет добраться зачем-то до Суматры. На местах коммунисты действовали по своему усмотрению, в Йогьякарте ячейка в дивизии “Дипонегоро” воспользовалась отсутствием командира округа, расправилась с его замом и объявила о своей поддержке Ревсовету. 1 октября утром по всей Йогьякарте, на столбах, стеклах и витринах лавок, особенно индийских, были расклеены постеры патриотического содержания: "сметем Малайзию!”, “долой США!", "смерть Насутиону!". Улицы города патрулировали члены ПКИ, и постоянно вспыхивали стычки с членами ПНИ и сторонниками местного султана. К 3 октября энтузиазм коммунистов, не имеющих никаких указаний, планов и координации, иссяк и командиры соседних частей восстановили правительственный контроль над гарнизоном. В ночь с 22 на 23 октября в районе Йогьякарты члены “Ракжат” и активисты ПКИ оцепили район в сельской местности и принялись, вооружившись бамбуковыми палками, копьями, пращами и заостренными кольями, расправляться со всеми потенциальными оппонентами, уделяя особое внимание членам ПНИ. За ночь подверглись расправе более 250 человек, включая местного школьного учителя, которого вместе с семьей живьем бросили в колодец. У многих из найденных потом покойников были разбиты головы, вырваны глаза, отрезаны уши. Уже утром это выступление было жестоко подавлено.
С середины октября начались гонения на коммунистов, приобретшие видимые формы в начале ноября и особенной мощи достигшие в декабре 1965; вместе с коммунистами подверглись расправе и все, кто в той или иной степени поддержал Революционный совет (не менее десятка организаций, причем лишь одна, помимо ПКИ, в своем печатном органе высказала ему поддержку), а попутно досталось, как всегда в Индонезии времен больших беспорядков, и китайцам. Армия во всем этом принимала живейшее участие - арестовывала коммунистов на местах, а потом информировала энтузиастов, когда их отпустит, а где не было армии, так энтузиасты брались за дело сами. За первые 8 недель погибло от 78000 (оценка Сукарно) до 2 миллионов народу, а скорее всего, около 300 тыс., в том числе почти все лидеры компартии. Айдит примерно 22 ноября в районе Суракарты пытался сдаться военным, которые имели приказ доставить главу ПКИ к Сукарно, однако по согласованию со своим начальством, считавшим, что если так и сделать, Айдит сумеет оправдаться, предпочли его расстрелять на месте. До деяний "красных кхмеров" расправа с индонезийскими коммунистами была самой кровавой "чисткой" в Азии. Размах катастрофы и ее трагичность далеко превзошли даже жестокие поражения коммунистов в 1926 и 1948 годах.
Подоплека событий все же так и осталось не вполне ясной, но понятно, что генералы с толком использовали авантюризм "революционного совета", а ПКИ оказалась не на высоте момента. Советская и китайская партийная печать предала анафеме авантюризм индонезийских "левых" и осудила попытку переворота.
До событий 1965 года политическая система страны находилась в относительном равновесии, с уничтожением ПКИ "правые" во главе с генералом Сухарто перешли в наступление и к марту 1966 завершили процесс консолидации власти в своих руках, отстранив Сукарно.
