В 80-е годы самая реальная оппозиция режиму сложилась среди клана иссак, обитателей северной части Сомали и Джибути. 6 апреля 1981 в Лондоне была создана СНМ, организация, объединявшая иссак в борьбе против Барре, изначально численностью 400-500 чел.; группа официально стояла за «смешанную экономику», нейтралистскую внешнюю политику, борьбу против любого иностранного присутствия в регионе, репрезентативную демократию как основу внутренней политики. В следующем году штаб-квартира была перенесена в эфиопский город Дыре-Дауа, откуда с эфиопской помощью, заключавшейся в передаче старого советского оружия, начаты рейды в сомалийские провинции Вокуйи Галбед и Тогдхир. В 1984 состоялось около дюжины нападений на посты в северной части страны, на что СНА (сомалийская армия) ответила расстрелом демонстрации в Бурао, казнью семи юношей «за измену» и массовыми арестами. Тем не менее со следующего года началась эскалация конфликта, СНМ насчитала себе около 30 атак в июле 1985 – феврале 1986. В 1987 году зафиксировано еще около 30 атак, а в следующем году СНМ довольно внезапно перешел к наступательным действиям, 27 марта заняв Бурао и 31 мая Харгейсу. Специалисты полагают, что резкая активизация действий продиктована заключением мирного договора между Эфиопией и Сомали, по которому первая отказывалась от поддержки СНМ. В свете отсутствия эфиопской помощи повстанцы зависели от умения отбирать имущество у СНА, и, не имея теперь тыловых баз, от занятия территории в собственно границах Сомали.
В июне правительственная армия, командовать которой Барре делегировал своего зятя Мохаммеда Сиада Херси «Моргана», основательно обстреливала и бомбардировала оба занятых оппонентами города, а также округу. Прессинг заставил СНМ к концу 1988 отступить в Эфиопию и вынудил свыше 300 тыс. иссак бежать из страны. Города были разорены, 70% площади Харгейсы превращено в развалины, а потом подверглись жестоким гонениям и представители клана, теми же способами, что и маджертин ранее – уничтожением колодцев, пастбищ и массовыми изнасилованиями.. Обычной практикой было окружение селений или водопоев в районе проживания иссак армией, потом без всякого предупреждения пальба. Для гарантии в городах снаряжение водных источников разрушалось или вывозилось, а в сельской местности сомалийский спецназ, «дуб каас», швырял в колодцы и водосборники трупы павших животных или детали техники. С конца мая по декабрь погибло более 5000 иссак, 4000 в боях, а остальные, включая женщин и детей, как считается, заколоты солдатами. Около 240 тыс. народу бежало прочь из страны. Вне зоны конфликта тоже проводилось прессование иссак, особенно в Бербере, где власти умышленно арестовывали их, дабы нажиться (освобождение стоило 50-200 тыс. шиллингов). Результатом войны на севере стали тяжкие экономические последствия – порты разрушены, и цены на продовольствие подскочили, сахар в стране вздорожал на 450%, кукуруза на 650%.
В декабре 1989 СНМ начал новое наступление – по официальному коммюнике, с учетом ошибок годовой давности, отобрав несколько поселений в районе границы с Джибути, конкретно Лояда и Зейла, правительство Барре обвинило джибутийскую армию в поддержке повстанцев и даже конкретном участии в их деятельности. Правительственная армия в лице усиленной дополнительными подразделениями 26-й дивизии, в марте 1990 перешла в наступление и заняла Лояду и Зейлу, однако к октябрю 1990 СНМ изгнал силы Барре из Вокуйи Галбед, Тогдхир и Санааг, а к январю взял осажденные Харгейсу, Бурао и Берберу и не был расположен передавать свои завоевания временному правительству, которое, по его мнению, имело все шансы снова стать жестокой диктатурой южных кланов.
