Война 2006 года стала следствием затяжной гражданской войны 1990-х, давнего конфликта между Эфиопией и Сомали (см. статью "Огаденская война"), и попыток экспансии радикального ислама в начале 2000-х годов. Прямым последствием конфликта 2006 года в Сомали стал новый виток гражданской войны.
Весной 2006 года сложившийся баланс сил в Сомали был резко нарушен. В конце зимы 2006 года Союз Исламских судов (здесь и далее - ИКУ) ополчился на варлордов, сколотивших «альянс против терроризма», куда вошли Мохаммед Каньяре, Муса Суди Ялаху, Нуур Дакле, Абди Хасан Авале Кьебдиид, Омар Махамуд Финниш, Ботан Исе Алин, Мохаммед Дхеере, часть из которых получала от США деньги за поставку информации о делах исламистов в стране; в конце марта ББС сообщила, что в Могадишо идут крупнейшие за декаду бои, охватившие северо-восток города, не менее 70 убитых, а к началу июня исламисты прочно контролировали Могадишо. О масштабах активности исламистов говорит, что в наступлении на оплот Дхеере участвовало 500 человек при 100 «техникалах».
В ноябре ИКУ дошел до Кисмайо и разбил силы Джубаленда, а затем и вступившего в борьбу Пунтленда, в середине декабря приближался к Байдоа, фактически поставив под свой контроль всю территорию Итальянского Сомали. Однако что затем должно было происходить на занятой ИКУ территории, никому не было известно, так что в силу расплывчатости позиции ИКУ и общей туманности происходящего опрос на сайте ББС, принесет ли победа исламистов мир в Сомали дал результаты 51:49 при +7000 участников.
По-видимому, эта самая туманность сыграла злую шутку с ИКУ, поскольку, не имея представления о намерениях и пожеланиях новой силы, соседи и игроки геополитического уровня не могли примениться к новым условиям, зато сам титул "исламского движения" автоматически ставил его в ряд с "аль-Кайдой". С некоторых пор конфликт стал обретать черты интернационализации. Ооновская миссия обращала внимание на транспортировку оружия из Эритреи в руки исламистов, по воздуху и посредством дхоу, а Йемен, Эфиопия и Джибути активно вкладывались во "временное правительство" (здесь и далее - ТФГ) и варлордов. С 20 июля в Сомали стали появляться эфиопские войска, под предлогом помощи ТФГ, а после того, как 2 ноября в Судане были окончательно прерваны переговоры между ТФГ и ИКУ, началась фактически интервенция эфиопской армии. С конца ноября число и масштаб боевых контактов между эфиопской армией и ИКУ резко увеличились: 28 ноября произошла перестрелка из минометов под Галькайо, 30 числа в засаду попала колонна эфиопского транспорта (около 20 погибших), в тот же день эфиопское правительство приняло необходимые правовые документы на предмет военных действий в Сомали, и разбитый было Дхеере вернулся с подкреплениями и "техникалами" тоже из Эфиопии. Между 20 и 23 декабря 2006 года эфиопская армия начала масштабное наступление, задействовав артиллерию, танки и вертолеты. Против ожиданий, война оказалась очень скоротечной и сокрушительной для исламистов: уже 28 числа эфиопы вошли в Могадишо, а 31 декабря в Кисмайо. Американцы все это морально одобрили и выставили морские патрули вблизи побережья для пресечения возможного бегства лидеров ИКУ или прибытия подкреплений исламистам.
ИКУ, лидеры которых вслух покаялись перед гражданами за неудачу и появление иностранных оккупантов, в январе официально переименовались в Движение народного сопротивления в Земле двух миграций (акроним ПРМ, пользуется еще акронимами СПИМ и СПРМ). В северном Могадишо его сторонники митинговали некрупными силами (800 чел.), жгли флаги стран-участников миротворческого контингента, грозили им расправой, а продолжили кампанией мелкого террора, начиная с 31 декабря, и некрупных уличных выступлений, и вербовали поддержку за рубежом. Периодически эта кампания контрапунктировалась крупными военными столкновениями, как правило, в Могадишо. Начало осени было ознаменовано проведением в Асмаре конференции оппозиционеров, которым Афеверки посулил всемерную поддержку. Шейх Шариф Ахмед, глава ИКУ, был избран созданного на встрече главой Альянса за переосвобождение Сомали (АРС).
Печально то обстоятельство, что после победы эфиопской армии, жаловались местные жители, порядка совсем не стало, и власти обвиняли в попытках устроить информационный блэкаут, чтобы это скрыть; а при исламистах были хоть какой-то порядок и безопасность, и усматривали надобность в существовании исламских судов – но как части госструктуры. Дискуссия на сайте ББС, в которой задействованы граждане от Исламабада до Уганды и Либерии, в основном сводилась к тому, что меры по защите мира и порядка в Сомали нужны, но никто не сможет устроить там мир и порядок, пока сами жители того не пожелают.
