Гражданская война в Судане, первая из двух, между повстанцами Южного Судана, известными как "аньянья", и различными администрациями в Хартуме, оказалась одной из самых продолжительных в истории африканских войн, хотя и получила меньше паблисити, чем ее продолжение, и кончилась не так явно.
В 1946 году было официально определено, что южные области должны быть присоединены к Судану; тем же декретом разрешалась мусульманская религиозная пропаганда на юге, вводился арабский как основной язык, отменялись торговые запреты и позволялось южанам искать работу на севере - ранее англичане управляли севером и югом Судана как раздельными владениями. Из нескольких сотен новых начальников только четверо были южанами. Голоса самих южан, получавших образование на английском, которых введение арабского устраняло от государственных постов, и не доверявших новому руководству, во внимание приняты не были. Прибывшие с севера предупреждали начальство, что в случае, если законных концессий южанам не будет сделано, выйдет себе дороже, однако, хотя на первой сессии суданского парламента южанам пообещали федеральный вариант, никаких изменений не было.
18 августа 1955 южане из состава суданской армии восстали в г. Торит. Основным поводом для возмущения военных-южан стало то, что в 1955 Экваторией стали все чаще командовать северяне; усмирять его прислали части с севера (в т.ч. англичан), но большинство личного состава расквартированных в Экватории частей, укомплектованных южанами, скрылись в буше и начали борьбу за автономию для юга. В процессе возмущений (советская литература сообщает о “трех сутках погромов лавок, магазинов арабов-купцов, резни арабов-жителей города”) 255 арабов было убито, и 20 негров; еще 55 негров погибло, когда начался исход в страхе перед репрессиями, на переполненном пароме, и 70 человек казнено властями за измену. Торитские дела правительственные чиновники вспоминали на переговорах еще и через 35 лет.
После подавления мятежа в Торите на юге началась повстанческая война малого масштаба; на этом этапе у южан сохранялась надежда на политическое урегулирование. При Аббуде в 1963 был закрыт парламент, что одновременно закрывало единственную отдушину для жалоб, вслед за чем началась агрессивная кампания по исламизации и обращению. Таковые решения имели результатом активизацию борьбы. Именно с 1963 года на юге начались действительно крупные волнения, которые возглавила организация Аньянья (грубо говоря, название переводится как “яд габонской гадюки”). Повстанцы держали тыловые базы на территории сопредельных государств, ЦАР, Уганды, Заира и Кении, в самом Судане основным центром активности сперва была провинция Экватория, затем Аньянья перенесли военные действия во все три южные провинции в 1963-69. Израиль обучал рекрутов Аньянья и доставлял им оружие через Уганду и Эфиопию, в том числе египетское имущество, захваченное в войнах, многое покупали у конголезских повстанцев и международных дилеров; деньги поставляла суданская диаспора на Ближнем Востоке, в Европе и Америке . Повстанцы укрывались в труднодоступных местах, откуда совершали набеги, общая их численность в течении инсургенции колебалась от 5 до 10 тыс. человек, около трети вооружены. Мероприятия были особенно хорошо видны в 1963, когда быа проведена массированная атака на Вау и другие городские центры региона, в 1965, когда в феврале повстанцы разорили Джубу, сорвав созыв там конференции по вопросу о судьбе юга, и в начале июля, использовав разлив Нила и проблемы с судоходством, повстанцы атаковали все три крупных города юга, и в 1967 годах. Кроме того, в декабре 1964 года имели место кровавые столкновения в аэропорту Хартума между южанами и северянами, триггером которых стал слух о гибели министра-южанина Клемента Мборо, а в феврале следующего года состоялись межэтнические стычки между неграми и арабами (динка против миссерийя) на границе Дарфура и Бахр эль-Газаль, число жертв достигло нескольких сот, к урегулированию конфликта пришлось привлекать членов правительства.
При премьер-министре Халифе предпринимались попытки устроить всеобщую конференцию с участием южан, однако нестабильность в государстве помешала проведению в жизнь каких-либо реальных мер, а конференция в марте 1965 года не позволила достичь единства мнений, южане требовали плебисцита, северяне предлагали автономию в рамках единого государства, свой парламент, исполнительную власть и госслужбу, но ничего кроме «конструктивной программы» (возвращение беженцев, восстановление порядка, программы по обучению южан для занятия государственных постов) выработать не удалось. В октябре 1971 недавно пришедший к власти в Судане путем военного переворота Джаафар Нимейри, удачно использовал то обстоятельства, что после изгнания израильтян из Уганды повстанческая армия лишилась основной тыловой базы, и вступил в переговоры с сепаратистами. С посреднической помощью Хайле Селассие (и шести других глав государств) удалось достичь компромисса, в значительной степени благодаря действиям авторитетного лидера южан Джозефа Лагу, уломавшего всех оппонентов принять “единый Судан”. Аддис-Абебские соглашения предусматривали автономию трех провинций – Экватории (ныне Аль Иштивай), Бахр эль-Газал и Верхний Нил (теперь Аали ан Нил) под общим руководством регионального резидента, которого назначает президент Судана по рекомендации избираемой региональной ассамблеи. Резидент отвечает за все происходящее в регионе, кроме вопросов внешней политики, обороны, финансов, экономического и социального планирования, которые остаются в ведении центрального правительства, где южане получают процент мест, региональный контроль за образованием. Арабский становился официальным языком страны, а английский – главным языком юга, с использованием в администрации и при обучении в школах. Аньянья инкорпорируются в состав южного командования армии с равным количеством офицеров-южан и северян, 6000 в армию (по 2 тыс. от провинции), 4000 в полицию и пенитенциарную ситему – т.е. почти всех, кто вообще считал себя повстанцем сколь-нибудь основательно. Всем участникам инсургенции полагалась амнистия за все деяния с 1955 года. Война обошлась за 17 лет в полмиллиона жертв.
7 марта вступило в силу соглашение о прекращении огня, 20 марта отменено чрезвычайное положение, и 27 марта 1972 с большой медиаторской помощью Хайле Селассие договор был подписан, и этот день праздновался как День национального единства. Аддис-абебское соглашение 1972 года является уникальным в истории третьего мира и Африки - поскольку стороны сумели преодолеть разногласия после 17 лет войны, и уникальным, поскольку случилось это в разгар Холодной войны, когда легко можно было найти союзника, готового давать деньги и оружие.
