Гражданская война в Таджикистане - один из самых кровавых конфликтов на территории бывшего СССР. Таджикистанская гражданская война дала больше половины всех жертв распада СССР. В ходе гражданской войны на территории Таджикистана имели место значительные нарушения прав человека и массовые расправы.
В сущности, в основе конфликта, видимо, лежала попытка пересмотреть традиционные роли различных клановых групп в жизни Таджикистана. "Ленинабадцы" традиционно доминировали в политике в советское время, начиная как минимум с 1937 года - и в литературе встречается мнение, что и с еще более раннего времени. "Кулябцы" с 70-х годов традиционно были "в клиентах" у ленинабадцев, и традиционно отвечали за силовые министерства. "Бадахшанцы"\"памирцы" тоже были задействованы в этой схеме, занимая средние позиции в силовых ведомствах. "Каратегинцы" плотно обжили торговлю и производство товаров потребления. Распределение обязанностей было выражено в пословице: "Ленинабад правит, Куляб охраняет, Памир танцует, а Каратегин торгует”.
В конце 1991 года первые выборы президента объявленного суверенным Таджикистана выиграл кандидат коммунистов, т.е. правящей группы и де факто "ленинабадцев", Рахмон Набиев. Первые несколько месяцев его тенуры действовал подписанный с оппозицией компактат, по которому крупным оппозиционерам в обмен на их обязательство действовать сугубо политическими методами гарантировалась неприкосновенность. Триггером нового витка конфронтации, приобретшей еще в 1991 году довольно опасный крен, послужил, арест видного оппозиционера Максуда Икрамова 6 марта. 23 марта 1992 года начался многодневный митинг на площади Шохидон\Ленина, первопричиной которого правозащитники считают обвинение председателем ВС республики "гиссарцем" Сафарали Кенджоновым министра внутренних дел, "памирца" Мамадаёза Навжуванова, в коррупции и превышении полномочий, а уж затем были последовательно выдвинуты все новые и новые лозунги. Оппозиция собрала на площади, перед зданием ЦК, огромную толпу, в основном гармцев и памирцев, просидевшую там два месяца. Сторонники правящей группы, формально под эгидой "Общественного комитета по защите конституционного строя", организовали контр-митинг на площади Озоди\800-летия Москвы; дело у них было поставлено широко, демонстранты получали командировочные из специального фонда, созданного промышленными предприятиями. Однако в начале апреля закончился рамадан и толпа на Шахиджон существенно пополнилась крестьянами, мобилизованными при активном участии исламских клириков, традиционно сильных в претендовавших на передел власти регионах. Пререкательства между оппозицией и властями завершились в Душанбе массовыми беспорядками. 23 апреля митингующие на Шахидон захватили в заложники 16 депутатов и сумели добиться принятия своих требований, но смещенный по их требованию Кенджонов был просто переведен руководить спецслужбами и почти тут же вновь кооптирован в спикеры. Естественно, что такие манипуляции повлекли радикализацию оппозиционеров. 1 мая Набиев стал раздавать автоматы своим сторонникам, что повлекло дальнейшую эскалацию конфликта, 5 мая было объявлено ЧП, означавшее запрет всех митингов и собраний, и комендантский час. В тот же день жители кишлака на дороге в Куляб отказались пропускать автобусы с желающими присоединиться к митингу на Озоди, закончилось дело дракой со стрельбой, не менее 2 убитых. В тот же день оппозиционеры завладели телестанцией, железнодорожным вокзалом и президентским дворцом, и наступил паралич власти, поскольку ни одной из сторон не удавалось навязать свой вариант силой или добиться прочного мирного соглашения вплоть до 7 мая, когда президент уступил требованиям оппозиционеров: отставка пяти крупных фигур государственного масштаба, в т.ч. Кенджонова. 11 мая после нескольких стычек и вспышек беспорядков было заключено соглашение о формировании правительства национального примирения, по которому 11 из 24 постов в кабинете уходило "гармцам" и "памирцам", и, таким образом, если взять во внимание персоны, которыми они заполнили вакансии, получается, что впервые в истории СССР политический ислам завоевал места в правительстве.
Мир, однако, держался недолго, а на местах вообще не держался. "Памирцы" и "каратегинцы" составили основу оппозиции, известной также по одному из крупнейших компонентов, имевшему очень сильное влияние на стратегию и политическую идеологию оппозиции - ИРПТ ("партии исламского возрождения"), как "исламисты", а "ленинабадцы" и "кулябцы" стояли за формально легитимное правительство и по причине происхождения последнего от коммунистов называются в литературе обычно "неокоммунистами". Несмотря на общий фронт под названием Объединенная Таджикская Оппозиция (УТО), она никогда не была едина, и многие номинально отнесенные к ней командиры реально занимались своими делами, поддерживали свое существование, например, отбирая у крестьян хлопок, продавая его на экспорт и создавая себе счета в швейцарских банках, или подвергая разграблению гуманитарные конвои.
С весны во всех частях республики создавались этнически и политически чистые области, кишлаки проигравших сжигали дотла. Ситуация сильно осложнялась тем обстоятельством, что большую роль в пропрезидентской фракции составляли "кулябцы", они всегда зависели от импорта продовольствия, и причем именно из тех районов, которые оказались у "исламистов", так что для них победа была вопросом выживания.
Советская\российская армия получила приказ не вмешиваться, но фактически стояла на стороне коммунистов\неокоммунистов, поскольку те отстаивали знакомые ценности и противостояли "исламистам", давно выразившим нелюбовь к русским. Тем не менее беспристрастность соблюдалась: в октябре 1992 при попытке "кулябцев" взять Душанбе штурмом, сперва чиновники исламско-демократического фронта, а потом уже сами участники набега укрывались в расположении дивизии.
В августе 1992 "исламисты" провели массовые выступления в Душанбе, едва не захватив Набиева, сбежавшего в расположение российской армии, а 7.9. перехватили его по дороге в аэропорт, откуда он предполагал уехать в Ходжент, и, буквально под дулами, заставили сложить с себя полномочия. В ноябре, в условиях, когда под его контролем оставались только столица и некоторые горные регионы, уже давно ничего не решавшее коалиционное правительство ушло в отставку. Через месяц ВС собрался на сессию, прошла в селе Арбоб под Ходжентом, оплотом "неокоммунистов". На этой специальной сессии парламента главой страны был избран Эмомали Рахмонов ("кулябец"), председателем совмина Абдулоджанов ("ленинабадец"). Наступая с юга от Курган-Тюбе и с севера от Регара и Гиссара при поддержке Узбекистана, 4 декабря 1992 "неокоммунисты", вошли в Душанбе; 201-я дивизия заняла ключевые пункты.
Как следствие региональной вражды и естественных последствий первопричин войны, по водворении новых властей их сторонники устроили погром выходцам из Бадахшана и Гарма, обитавшим в Душанбе, а многие "кулябцы", состоявшие в родстве с членами вооруженных формирований удачно заселились в оставленное жилье. На все это накладывалось усиление криминальной активности, количество грабежей увеличилось по сравнению даже с беспокойным 1992 годом на 32%, количество убийств в три раза. Уголовное прошлое многих фигур тогдашнего истеблишмента, и практика назначать такие персоны руководителями регионов, где они ранее зарабатывали себе сроки, тоже накладывали отпечаток на жизнь в стране, убийство считалось обычным решением спора о том, чьей креатуре управлять прибыльным предприятием; в кресле директора хлопкоперерабатывающего предприятия в Душанбе за год побывали шесть человек, всегда по причине насильственной смерти предшественника.
Что касается собственно военных действий, то после занятия Душанбе началось наступление на Кофарникон, оплот оппозиции и узел шоссейных дорог к востоку от Душанбе, а в конце января пал Курган-Тюбе, хотя "исламистам" помогали из Афганистана. Фактически основная часть войны закончилась к лету 1993, страна оказалась де факто разделенной на две части примерно по рубежу реки Вахш.
В этот период обострились отношения "исламистов" с российской армией. Июль 1993 был озаменован получившей наибольшую огласку конфронтацией этих двух беллигерентов: штурмом 12-й пограничной заставы российских войск. Оппозиционеры собрали группу в 250 человек под общим командованием афганца Кори Хамидулло, разместили на возвышенностях артиллерию и гранатометчиков, и 13 июля в 4 утра начали атаку. В 7 утра пограничники пошли на прорыв и выбрались из окружения, а затем подошла бронетехника пограничников и 201-й дивизии. В процессе баталии погибло 22 пограничника и трое солдат 201-й, шестерым участникам боя(четверым посмертно) присвоено звание Героя России. Погибло также около 200 мирных жителей и около 60 атакующих.
1994-й год был отмечен повышенной активностью оппозиции, которая в свете подготовки президентских и парламентских выборов (полномочия советского еще Верховного совета истекали в том году), принялась усердно беспокоить противника, опасаясь в случае проведения выборов остаться вообще вне политической жизни, но добиться сколь-нибудь весомых успехов не смогла. Параллельно, по некоторым сведениям, обострились отношения между "кулябцами" и пользовавшимися поддержкой Узбекистана гиссарцами, в мае 1994 дошло до вооруженных столкновений.
В начале 1995 оппозиция начала готовиться к контрнаступлению. Военные действия были начаты в апреле, что странно для Таджикистана, где лучшим сезоном для военных операций считается время с конца июня по октябрь. Никаких лавров оппозиционерам эта затея не принесла, и больше крупномасштабных действий в ходе конфликта не зафиксировано.
Враждующие стороны довольно долго пробовали достичь какого-либо консенсуса, всего имело место 9 раундов переговоров, но на их эффективность оказывало заметное воздействие то обстоятельство, что в этих мероприятиях участвовали то одни лидеры, то другие, поскольку один из компонентов УТО, Демократическая партия, распалась на несколько блоков-"платформ", одна из которых стояла за вооруженное противостояние, а другая за урегулирование конфликта дипломатическими средствами. На завершающих стадиях УТО представляла просто группа полевых командиров - "каратегинский", "комсомолабадский", "таджикабадский", "гармский". 23.12.96 в Москве подписано соглашение, под которым поставили подписи Эмомали Рахмонов и Сайед Абдулла Нури. По условиям соглашения и его уточнений таджикским исламистам было отведено 30% мест в руководстве, в том числе такое, как министр газа и нефти. Лидер УТО номер 2 Турахонзада, к примеру, получил пост первого зама премьера, ответственного за связи со странами СНГ. 4498 бойцов назначены на интеграцию в силовые структуры, 5377 членов оппозиции подлежали безусловной амнистии. Несколько свирепых банд под руководством известных полевых командиров, не подписавших соглашение, были раздавлены в 2000-2001 годах. Соглашение устанавливало даты для выборов президента и легислатуры в 1999 и 2000 годах, соответственно.
Война стоила примерно 100-150 тыс. жизней, основные потери приходятся на вторую половину 1992 года; общая численность жертв в хронологическом порядке раскладывается так: в первый раунд (наступление исламистов) 70 тыс. беженцев, второй (возвращение коммунистов) 50 тыс. Стоимость войны в экономическом смысле составила ориентировочно $7 миллиардов.