Проблема Синьцзяна, связанная с вопросами сосуществования китайцев и местных этносов, где кроются корни уйгурского сепаратизма и постоянных этнических столкновений и беспорядков на почве межэтнических трений, как и в случае с Тибетом, уходит вглубь веков. Имеются разногласия на тему политического прошлого этих земель. Китайцы считают, что их присутствие в районе началось в 60 г. д.н.э., и местная епархия в подчинении назначаемого из центра чиновника простиралась до озера Балхаш и Памира, но в литературе принято считать, что с той поры без китайского контроля эти земли провели куда больше времени, чем под ним. Одной из интересных особенностей местного сепаратизма является то, что его адепты никогда не рассматривали варианты с автономией, а всегда стояли и стоят за независимость Синьцзяна.
Местное население, главным компонентом которого являются уйгуры, в подавляющем большинстве мусульмане, воспринявшие ислам еще в 9 веке. Государственность утратили примерно в 12 веке и с той поры постоянно состояли в подчиненном положении. Собственно, Синьцзяном территория зовется с 1884, и название означает просто "новая территория", название это дали ему китайцы, восстановившие свой контроль за территорией в соответствии с условиями договора с Россией, отдававшего Китаю Синьцзян при условии его открытости для торговли и другой активности. Противники китайского господства в этих местах предпочитают употреблять термин "Восточный Туркестан". В середине 30-х в регионе в первый раз в новейшей истории возникло крупное сепаратистское движение, пытавшееся создать этнически чистую республику "под знаменами ислама". В 1949 году, после создания КНР, в Синьцзяне создан Автономный регион, в котором, как теперь полагают исследователи, начертание внутренних границ было таким, что решительное тогда численное превосходство уйгуров над прочими меньшинствами-“минзу” скрадывалось. В течении длительного времени в район мигрировали ханьцы, так что в 1948 на территории (тогда будущего) Уйгурского Ар было 6% "хан", 75% уйгуров и 10% казахстанцев, тогда как в 1997 38% ханьцев и 47% уйгуров. Как и другим регионам страны, большой ущерб Синьцзяну нанесла "культурная революция", которая была в данной области ознаменована всякого рода перегибами, мечети сносили и мусульман заставляли выращивать свиней, проводились кампании за унификацию образа жизни и мысли по образцу, предписанному маоистской доктриной, вплоть до насильного побрития прямо на улице, лингвист Ибрахим Муттеи был бит по голове многотомным словарем, который переводил и редактировал с ведома и согласия КПК и т.д. и т.п.
В период после 1949 года в регионе так и не было особенно спокойно, хотя и крупных проблем не наблюдалось. Культурная революция, кстати, косвенно ответственна за самую крупную акцию политического толка в Синьцзяне новейшего времени, около 8000 командированных в регион обитателей центрального Китая требовали возвращения по домам, устроили голодовку и захваты административных помещений, их требования были удовлетворены Всего же в служебной записке для ЦК КПК сообщалось о 19 восстаниях и 194 случаях «контрреволюционной сепаратистской активности» в 1951-81 годах, самого разного свойства - от сугубо исламистских до про-советских: в 1961 "в связи с курсом маоистов на подавление народно-освободительного движения" в Советский Союз сбежало около 65 тыс. уйгуров, подвигнутых на это комбинацией экономических, политических, этнических проблем, и состоялись в этой связи относительно крупные, по меркам того времени, беспорядки.
Изменение ситуации в стране повлекло, скажем так, новые вызовы. С середины 80-х наблюдаются крупные выступления местных жителей по разным поводам, и политическим, и экономическим, и религиозным. Тон сперва задали студенты: в 1985 состоялась акция местного происхождения студентов местного университета, с протестами против внедрения стратегии семейного планирования, продолжения ядерных испытаний, тихого продолжения миграции ханьцев в регион, и подключались студенты-уйгуры в Пекине. В июне 1988 года около 300 студентов прошли маршем по городу после обнаружения в вузе неких оскорбительных граффити, в декабре протестовали в Пекинее, с требованиями равенства и защиты прав человека применительно к меньшинствам, и, наконец, в мае 1989 в Урумчи состоялась демонстрация, инициированная хюй, возмущенными “неверной интерпретацией ислама” в книжице “Сексуальные обычаи” какого-то шанхайского издательства. Эта демонстрация увенчалась массовыми беспорядками на Народной площади в Урумчи, битьем машин и участников демонстрации, всего порядка 200 пострадавших. С этого периода флаг борьбы за предполагаемые права уйгуров перешел к исламистам.
В апреле 1990 начались массовые беспорядки в городе Акто, всего-то за шесть месяцев до того удостоенного звания "город образцового этнического единства". Зачинщиками последующее расследование признало "исламскую партию Восточного Туркестана", всего участвовало изначально около 200 человек, предполагавшихся как основа будущего вооруженного выступления, подготавливавшегося путем вербовки кадров в мечетях. Информации крайне мало, но подавляли выступление с применением авиации. Параллельно волнениям прошли акции в их поддержку. На дела эти КПК ответила ужесточением внутренней политики, в основном гонениями на религию, в одном районе вокруг Акто закрыто около 50 мечетей закрыто и строительство примерно ста прекращено. В феврале 1992 минимум два взрыва в автобусах, и постфактум сообщено, что еще обезврежены бомбы в кинотеатре и жилом здании, пятеро уйгуров по этому делу были казнены в июне 1995, за этим последовало в течении полутора лет еще полдюжины взрывов, против самых разных целей, всего в результате серии двое убитых и 32 раненых, и примерно раз в три недели полиция отчитывалась в боевых контактах с вооруженными противниками. В 1993 около 1000 человек явились в Лоп Нор, ядерный полигон КНР, требовать прекращения ядерных испытаний, некоторое количество прорвалось в компаунд и било там автотранспорт и оборудование, дошло при разгоне до стрельбы в воздух. В июне 1995 года гонконгский журнал сообщал, что 22-24.4.95 состоялись волнения, в которых поучаствовало примерно 50 тыс. казахов и уйгуров в 6 городах сразу, требовали отдельных государств для казахов и уйгуров, более 220 участников погибли в столкновениях с армией, но правительство Китая сообщение не подтвердило. В июле 1995 года уже в Хотане состоялись массовые беспорядки, вызванные партийным вмешательством в тематику проповедей местных имамов, вызванная осажденными в компаунде администрации партийными лидерами полиция попотчевала атакующих слезоточивым газом, из официальных китайских источников известно только о 66 пострадавших силовиках и администраторах.
В 1995-96 был принят ряд мер, фактически эквивалентных закручиванию гаек. На некоторое время это помогло, хотя уже весной 1996 года начала наблюдаться активность сепаратистских групп, а в 1997 сепаратистские тенденции в Синьцзяне откровенно пошли в рост, имело место мощное обострение. В феврале в Инине, около границы с Казахстаном, имели место двухдневные волнения уйгуров, вызванные, насколько можно судить, арестом местных "талипов" (студентов религиозного профиля). По данным местной полиции, протестующие несли с собой плакаты "оно началось!" и "будем биться с неверными со всей силой, используя коран как оружие!". Протесты против арестов вылились в избиения ханьцев, не менее десятка которых погибли, уничтожение машин и поджог магазинов. Две недели после самих мероприятий продолжалась блокада района и аресты. КНР довольно долго не могла представить единого мнения по вопросу о том, что, собственно, происходит, то ли ничего вообще, то ли просто хулиганство социально опасных типов и наркоманов, в 2002 окончательно ответственность возложена на "Восточнотуркестанскую исламскую партию аллаха" и "другие террористические организации". По разным оценкам число жертв разное, 10-90 самый достойный доверия вариант. Уйгуры в Средней Азии всемерно способствовали распространению информации, и Турция сочла нужным высказаться, что китайцы слишком жестко подходят к данному вопросу, на что получила ответ, что это все внутренние дела Китая.
В конце февраля сепаратисты подорвали три бомбы на автобусных остановках в Урумчи, как раз в день похорон Дэн Сяопина, 9 убитых и 74 раненых, в основном школьники, а в марте было подорвано аналогичное устройство в столичном автобусе, и еще одну бомбу своевременно обезвредили в крупном универмаге. По-видимому, это повлекло большую кампанию по борьбе со всеми возможными проявлениями сепаратизма. Громче всех прочих прогремел случай Ребии Кадер (другие варианты - Робия Кодер, Робия Кадер). Самая успешная бизнес-леди округа, членствовавшая в китайской легислатуре, была лишена возможности выезжать за рубеж из-за ее сепаратистских взглядов и сообщничестве с замеченным в сепаратизме мужем, а потом и исключена из списков кандидатов в новый созыв парламента, и даже одно время пребывала под домашним арестом.
1998-1999-й годы не были ознаменованы делами размахом с беспорядки в Инине, но тогда состоялась еще одна серия взрывов, в феврале известно о беспорядках в Урумчи, теракте на ключевом в регионе железнодорожном мосту, в июле-сентябре 1999 имела зафиксированная по косвенным данным в китайской печати кампания нападений на официальных лиц и поджогов складов в Хотане.
К 1999 году волну сепаратизма удалось, по-видимому, сбить, хотя спорадически продолжается кампания против китайцев за рубежом, прежде всего в сопредельных странах. За десятилетие, согласно официальным документам КНР, в результате активности сепаратистов погибло от 50 до 120 человек, в основном однозначными количествами в результате отдельных акций.
В 21 веке наблюдаются только периодические проблемы: в 2002-2003 кампания нападений на чиновников и административные объекты, а в 2008 ограниченного размаха демонстрации - в Хотане около 500 человек прошли по городу до локации еженедельного базара и автостанции Лоп, а кончилось все вступлением в дело силовиков и массовыми арестами участников. В результате обысков и полицейской операции в провинции несколько человек было изобличено в производстве бомб, и три готовые изъяты, но и не более того. «Шанхай Дэйли» сообщала, что имели место демонстрации в Хотане, Урумчи и еще двух префектурах, в подстрекательстве обвинена «хизб-ут-тахрир аль-ислами», родня одноименной организации в Центральной Азии.
В самом начале июля 2009 года в Урумчи снова состоялись беспорядки, в автономном округе состоялась демонстрация с требованиями пересмотреть отношение прокуратуры страны к проблемам уйгуров, перешедшая в беспорядки, разорено до 200 магазинов и две с половиной сотни автомашин, по горячим следам полагали до 140 убитых, полиция отчиталась за двух. В августе-сентябре 2009 отмечены реперкуссии, целая серия нападений на ханьцев, те пробовали выходить на митинги протеста, требуя эффективной защиты, и, как и уйгуры, подвергались нелюбезному обращению полиции.
В августе 2010 теракт в Аксу, семь убитых и 14 раненых, уйгурские радикалы загнали трехколесный транспорт со взрывчаткой в толпу на оживленном перекрестке.
В июле 2011 года снова стычки, на сей раз, по официальному отчету, с пришедшими из Пакистана боевиками уйгурских сепаратистских организаций, в Кашгаре пытались устроить массовую расправу, расстреливая на улицах прохожих и поджигая рестораны, не менее 6 убитых.
