В Мозамбике заметные сложности у португальской администрации начались после Второй мировой, в 1947 и 1948 состоялись волнения в доках столицы, которые, с жертвами среди рабочих, продолжались время от времени в 50-х и 60-х в портовых городах. В 1960 представителей северного народа маконде, желавших повышения зарплат и прекращения совсем уж бессовестной эксплуатации, пригласили на встречу с провинциальным губернатором в Муэду и там хорошенько избили и арестовали их и всех, кто пришел принести жалобы, а когда народ стал протестовать и был близок к тому, чтобы отбить арестованных, скрытно размещенные военные открыли огонь, убив около 600 человек (португальцы насчитали 60-70). Маконде и стали ядром сформировавшегося в соседней и независимой Танзании движения – Мозамбикского национального союза (МАНУ), организованного сходным с кенийским и танзанийским НС движения; многие активисты и лидеры движения, включая президента Мэттью Мволе и генсека Лоренса Миллингу, участвовали в борьбе танзанийцев и кенийцев и получили необходимый опыт. На встрече национальных движений в португальских колониях в Касабланке в 1961 была вынесена резолюция крепить ряды и всемерно объединять силы, и 25 июня 1962 из всего многообразия движений выкристаллизовался Фрелимо (Frente da Liberatação de Moçambique) со штабом в Дар-эс-Саламе, в чем усматривают большую роль панафриканского движения. МАНУ стал основным конституентом, в формировании Фрелимо приняли участие еще две партии, одна из студентов и гастарбайтеров (УДЕНАМО), другая из бежавших в Малави (УНАМИ). При всемерном участии Ньерере председателем его стал Мондлане, который не имел связей ни с одним из крупных движений, но работал в ООН и пользовался большим авторитетом. На первом съезде в сентябре была принята декларация из 17 пунктов, в основном декларативного характера (всемерно крепить единство народа, принимать необходимые меры, отдавать все силы борьбе…) и решено добиваться независимости. На вооружение Фрелимо была принята маоистская стратегия, и начало ее осуществлению было положено в Алжире, где прошли обучение первые две сотни повстанцев, затем, через слабо контролируемую границу Танзании и Мозамбика, внедренных в страну с целью создать народную поддержку движению. Помимо Алжира с обучением помогал Египет, а также традиционно союзный с Танзанией Китай. Эрнесто “Че” Гевара ездил в Мозамбик в 1965, но там остались невпечатлены его идеями “революционного очага”.
После жестокой фракционной борьбы руководство Фрелимо к концу 60-х прочно перешло в руки «левых», после убийства Мондлане 3.2.69 укрепившихся у руководства и формально тоже; главой движения стал Самора Машел.
В плоскости военной активности с 25 сентября 1964 дела перешли в следующую стадию. 25.9 Фрелимо обратился с призывом к восстанию и, перейдя реку Ровума, совершил силами 11 активистов налет на пост в Шаи (Кабу-Делгаду), начальник поста убит, заключенные, содержавшиеся на посту, освобождены. К тому моменту в распоряжении фронта было всего 250 человек, однако затем ряды военного компонента стремительно росли, в конце 1965 года 2000, в 1967 5000, в 1969 10 тыс. В 1964-66 повстанцы в основном совершали маломасштабные рейды против малых полицейских постов и административных зданий в провинциях Тете, Замбезии, Ньяса и Кабу-Делгаду группами по 10-15 человек. В последних двух им было особенно комфортно и лучше всего ощущалась поддержка населения. К 1967 под контролем Фрелимо была одна пятая территории и одна седьмая населения. Фокусом приложения сил в 1968 году и далее был проект дамбы “Кабора Басса”. Дамбу эту португальцы создавали в надежде завоевать расположение мирового сообщества видимыми успехами в деле улучшения положения в Южной Африке. Предполагалось, что окончание этого, пятого по размерам в мире и крупнейшего в Африке, проекта такого рода, повлечет освобождение 8 млн. акров для сельского хозяйства и снабдит страну 4 млн. квт электричества, а на освободившиеся под земледелие территории будут заселены колонисты, числом около миллиона. Строительство началось в 1969 году; собственно из состава португальской армии было отряжено свыше 3000 солдат регулярной армии, размещенных тремя концентрическими кольцами, позиции которых были усилены примерно миллионом мин, для защиты проекта приезжали и контингенты заинтересованных в электроэнергии Родезии с ЮАР. Фрелимо не смогло причинить самому строительству заметного ущерба, но преуспело в перехватывании конвоев с имуществом проекта, устроении засад и завалов на двух дорогах в зону строительства, и прессовании рабочих и сотрудников; это повлекло выход из проекта всех иностранных инвесторов. В том же 1968 году был достигнут другой успех идеологического плана – проведен съезд на освобожденной территории, в провинции Ньяса, который португальцы, несмотря на господство в воздухе, нашли только в последний вечер съезда и бомбить начали только следующим утром без особого результата. С утверждением во главе повстанческой организации Машела повстанцы перестали ограничиваться в своей деятельности только правительственными и военными объектами, имущество поселенцев также стало целью нападений, что повлекло такие инциденты как демонстрации поселенцев против правительства и закидывание камнями солдат и военных объектов (в Бейре, например).
На момент начала инсургенции в Мозамбике было расквартировано 16 тыс. военных, а в 1968-69 на подавлении было задействовано около 60 тыс. солдат регулярной армии (15 тыс. португальцев, 10 тыс. белых африканцев и остальные – местное население); каждый год оперативные расходы росли на треть. С марта 1970 контингентом командовал бригадный генерал Каулза де Арриага, консультировавшийся с Уильямом Уэстморлендом. Он предполагал устраивать крупные операции по розыску и истреблению повстанцев путем комбинирования усилий пехоты и авиации, ему помогала и конъюнктура: то, что ситуация в Анголе стабилизировалась, что позволило освободить дополнительные силы. Для осуществления главной задачи Арриага затеял кампанию “Гордиев узел”, самую крупную в войне, которая имела назначение запечатать танзанийскую границу и расправиться с базами повстанцев, и продлилась 7 месяцев. В ней было задействовано свыше 35 тысяч человек и порядка 100 единиц авиации. С малыми лагерями расправлялись десантники, доставлявшиеся вертолетами, а против больших использовались авиация и артиллерия, сопряженные с наступлением моторизованных сил, оснащенных бульдозерами, и особое внимание уделялось постоянному преследованию повстанцев. В общей сложности провели 40 операций, накрыв, по отчетам, 61 базу Фрелимо, потеряв при этом 132 человека убитыми, 260 ранеными. Кабо Дельгадо к началу дождей была почти полностью поставлена под контроль колониальных властей, началась подготовка к поселению здесь колонистов из Европы, и сам Арриага в порядке демонстрации достижений вместе с женой отпраздновал Рождество на одной из захваченных баз. Такая стратегия, по словам лидеров Фрелимо, могла бы дать результат, будучи употреблена с самого начала, но не в таких условиях; в 1970 году она обеспечила португальцам только временную передышку. Политическая стратегия их тоже особого эффекта не дала, хотя могла бы: надежда была на то, чтобы сдержать инсургенцию на достаточный срок, пока социальные реформы дадут плоды, путем ее блокирования в отдаленных, малонаселенных и не имеющих экономического значения областях с минимальными расходами на военные дела, пока повстанцы не выдохнутся и их не одолеет фракционализм. Такая стратегия помогла бы, если бы Фрелимо придерживалась кубинской стратегии, но она рассчитывала на длительную войну.
Как следствие, уже в 1971 Фрелимо стало появляться к югу от Замбези, в 1972 охватила своей деятельностью провинцию Маника, совершала нападения на железную дорогу Бейра-Тете, в течении последующих двух лет Фрелимо продвигалось на юг, расширяя зону контроля.
После Революции гвоздик Спинола предложил прекращение огня, которое Фрелимо отвергла, открыв фронт в Замбези и усилив давление на центральные области страны. В ответ Спинола приказал оставить весь север, сконцентрировавшись на обороне южной части страны, раздать оружие поселенцам и интенсивно бомбардировать занятые противником зоны, однако войска уже осознали, что все это лишь прелюдия к выводу, и к середине лета уже не проводили никаких операций, считая, по-видимому, что рисковать жизнями в момент, когда война проиграна, глупо. 8 сентября 1974 Фрелимо, к тому времени признанный ООН легитимным представителем страны, подписал с португальцами в Лусаке договор о предоставлении независимости в течении года, к тринадцатой годовщине Фрелимо. Прочие пункты предусматривали без всяких выборов водворение у власти переходного правительства во главе с членом высшего руководства Фрелимо Жоакимом Чиссано. 25.6.75 была торжественно провозглашена республика Мозамбик. Война обошлась в 3500 убитых португальских солдат и граждан (официальный отчет португальцев – 1606 убитых в боевых действиях и 724 смерти по несвязанным с войной причинам), 10 тыс. повстанцев и 30 тыс. гражданского населения.
В те же сроки несколько фракций, как местных националистов, так и белых колонистов разной идеологической направленности, пытались претендовать на руководство новой страной. В сентябре и октябре 1974 были попытки путчей, дабы не допустить водворения Фрелимо у власти, с перспективой создать в Мозамбике “белое” государство по образцу Южной Родезии. Беспорядки в Лоренсо Маркише 9.9.74 и далее обошлись в 9000 покойников, а в ночь на 22.10 второй раунд, в котором участвовало 240 путчистов, погибло более 100 и ранено 150 человек.