Гражданская война 80-х годов в Уганде последовала почти сразу за свержением Иди Амина, по причине возмутительных подтасовок на выборах в пользу очень хотевшего, даже несмотря на волю электората, вернуться к власти Милтона Оботе, сопровождалась массированными нарушениями прав человека, порой оставлявшими позади даже широко известные дела эпохи Амина.
В декабре 1980 года Милтон Оботе приступил к исполнению обязанностей в качестве президента Уганды. После отмеченных нарушениями и подтасовками выборов, приведших Оботе к власти во второй раз, бывший член готовившей страну к выборам военной комиссии (номер второй в ее составе) Йовери Мусевени ушел в подполье и создал Армию народного сопротивления (ПРА), потом переименованную в Национальную Армию Сопротивления (НРА), дополненную ныне здравствующим политическим филиалом, Национальное движение сопротивления (НРМ). Начинал он с 27 подчиненных. Официально датой начала борьбы считается 6.2.1981, а конкретнее 8:30 утра, момент атаки на Кабамбу, в ней участвовало 35 человек с 27 стволами. Другая группа ПРА, под руководством бывшего вдвшника, орудовала с "полутора стволами", отвлекая внимание от районов действия основной группы, и отвоевала семь стволов, используя одни только камни. На первых порах, каялся потом будущий командир дивизии НРА, в бой рвались хотя бы затем, чтобы отобрать у убитых противников одежу и деньги, чтобы купить мыло, соль, сигареты или табачные листья. Мусевени был не один такой, но прочие группы новый режим сокрушил. Громче других прославилось существовавшее еще в первые годы войны Угандийское освободительное движение (УФМ), делавшее в тактическим плане ставку на быстрый переворот, каковой и пыталось предпринять 9 февраля 1981 года, без особого, впрочем, успеха. В феврале 1982 УФМ отважилось напасть на Кампалу (конкретно, провело обстрел казарм ), проводило блокады на дорогах в столицу, атаковало полицейские посты в районе города, а затем примкнуло к НРА.
Помимо этих двух групп, на северо-востоке пострадавшие от Амина ачоли, вернувшиеся к власти, вели теперь ответные акции против его соплеменников, а те в форме УНРФ и ФУНА, опираясь на аринга и каква, соответственно, отвечали контрмерами, в 1980 очень даже успешно. Из вооруженных формирований сторонников Амина наибольшую известность снискала УНРФ, которая в основном действовала в основном в дистрикте Западный Нил. Однако все эти группы ничем особым себя не проявили, в отличие от НРА.
Хотя впоследствии лидер НРА и утверждал, что его группа изначально и создавалась для борьбы за демократию, его солдаты откровенно заявляли, что ушли в буш ради физического выживания; этим и объясняется, что база движения располагалась в треугольнике Луверо к северу от Кампалы, а не, скажем, в родном дистрикте Мусевени, Мбарара, на юго-западе. Собственно треугольник образуется дорогами Кампала – Гулу, Кампала – Хоима и рекой Кафу, дистрикты Луверо, Миконо и Мпиги. Основным ТВД в широком смысле стали центральная и западная Буганда и западные регионы Анколе и Буньоро, только в 1985 году, с операцией "фронт Форт Портал", инсургенция распространилась куда-то еще. Теоретически это район расселения буганда, но в Луверо от трети до половины населения не из их числа, и многие из них беженцы-руандийцы, этнические родственники Мусевени и его соратников, и по статусу своему готовый материал для рекрутинга. Остальных комбатантов помимо жажды справедливости толкали в буш желание отомстить за родственников, неустроенность жизни и отсутствие перспектив.
Поступившие рекруты подвергались индоктринации на предмет служения народу и отождествления с ним и его страданиями и жестоко наказывались за неправильное поведение, и по донесениям борцов за права человека, хотя и производились расправы, в основном движение полагалось на политическую программу и воспитание граждан. Платы никакой инсургентам не полагалось, только питание. Еду раздобывать считалось самым неприятным занятием – "ты мог пройти несколько миль в поисках кассавы, а на обратном пути встретить врагов и все потерять"; иногда брали скотину и прочую провизию у местных, давая взамен расписки или составляя списки (владельцы расписок по сю пору пытаются получить компенсацию). Что касается религии, припоминают комбатанты, то все должны были разделять убеждения друг друга – когда муслим шел молиться в буш, все, кто не на дежурстве, обязаны были присоединяться, и то же самое для всех остальных религий, так что "к моменту выхода из буша мне уже наплевать было, кто какой веры". С начала 1984 стали формировать батальоны, а до того были отряды по именам видных деятелей – Нкрумы, Кабалега\Кабарега, Насера и Мондлане, например. Обычно существовали небольшие зональные группы и несколько мобильных. После каждых бесчинств правительственной армии посылался политкомиссар записать, кого и как убили, чтобы потом обнародовать все это за рубежом для оказания давления на режим.
Повстанцы атаковали и танзанийцев и войска Оботе. Утверждается, что крупнейшими акциями с 1982 по 1986 были атаки на Хойма в июне 1983, Масинди феврале 1984 (казарма мобильного отряда правительственной армии), Кабамбу январе 1985 и Мубенде в 1985. Во время большого рейда на Кабамбу в январе 1985, по словам участников, участвовало семь батальонов сразу, они двое суток добирались до места, пройдя через несколько населенных пунктов, и будучи замечены вертолетом, но все равно их никто толком не ждал. НРМ также провела серию взрывов в Кампале, адресованных объектам инфраструктуры – типа нефтяных хранилищ, собирались и городскую водокачку извести. Основной задачей взрывов было привлечение внимания общественности, местной и международной.
С июня 1982 начались реальные попытки извести повстанческое движение (т.н."операция Бонанза"), в январе 1983 (против обыкновения, в "мокрый" сезон!) армия начала с помощью северокорейцев крупное наступление, в котором задействовано до 7000 чел. Армию представляли все сплошь пешие солдаты, плохо одетые, некормленные, плохо обученные, не получающие жалования; встречались в поле и юноши из молодежного отдела УПК, с панга в руках.
Наступление проводилось широко, в надежде повстанческие районы окружить и блокировать, экономические позиции обитателей региона были в корне подорваны разорением и эксцессами, прежде преуспевающая местность разграблена буквально в прах, голод и дизентерия внесли свою лепту в разгром, счет массовых могил в Луверо шел на десятки. Но в военном плане успеха армия не добилась, просто вытеснив партизан из густонаселенного района в относительно пустынные Синго и Нгома. Вдобавок к этой неудаче, смерть в ноябре 1983 в авиакатастрофе считавшегося хорошим командиром Ойюте-Ойока повлекла раскол армии по этническому принципу. Сами ветераны кампании обвинения в злоупотреблениях отрицают, обвиняя бойцов Мусевени в переодевании правительственной армией и творении бесчинств, а Оботе вообще списывает все бесчинства в Луверо на НРА, и жалеет вслух, что не смог оградить население "треугольника" от эксцессов повстанцев.
На некоторых этапах казалось, что дни повстанцев сочтены, в начале 1985 повстанцы считают, что начали стратегическую перегруппировку в Рувензори, известную также как "операция Форт Портал", а правительственная армия – что проводила решающее стратегическое наступление.
Командовал "операцией Форт Портал", Фред Рвигияма, будущий командир ФПР в ходе первой гражданской войны в Руанде, а остальные силы на этот период возглавил родственник Мусевени Салим Салех, считавшийся в НРА образцовым солдатом и военачальником. Летом 1985 захватили Касесе и готовились к Масака и Мбараре, попутно готовясь защищать свой тыл, поскольку руандийский президент Хабириямана дал согласие пропускать правительственную армию по своей территории.
Однако в этот исторический момент история второго правления Оботе окончилась как и первая – 27 июля 1985, в субботу поутру, совершен был государственный переворот, довольно-таки комического свойства, отчасти и поскольку из многочисленных воинских частей и подразделений на защиту правительства толком никто и не вызвался. Сам организатор переворота сказал в интервью "не думаю, что я совершил переворот. Этому правительству просто требовался кто-то, кто бы его похоронил. Подумайте только – рота народу в состоянии проехать через всю страну, спокойно занять радио и никто ей не мешает!" и атрибутировал легкость победы отсутствием толковой связи, а ее – беспорядком в штабе, вызванном долгими пререкательствами, кому заменить Ойока на должности начштаба - заменил в итоге ланги, а бригады-то, которые могли бы придти на помощь правительству, возглавляли сплошь ачоли. Формально организаторами путча числятся двое Окелло, Тито и Базилио (не родственники). Фактически, первые три дня никто толком ничем не управлял, и сами Окелло в столицу не ехали, предпочитая обретаться в Нимуле на территории Судана. Оботе со свитой бежал в Замбию. По словам его самого, неуказанные авантюристы из УПК весь переворот и спланировали, Окелло пообещали свободу рук в комплектовании армии, закупках и крупные бенефиции лично им – типа огромных ферм, оборудованных на государственные деньги.
Так или иначе, руководство Окелло не характеризуют никакие подвижки во внешней и внутренней политике. Мусевени приглашали немедленно приехать в Кампалу и войти в состав правительства, прекратив боевые действия, а потом призвали к переговорам, и передышка была использована для передислокации войск НРА и занятия ими ключевых точек; армейский батальон в Касесе взбунтовался и перешел на сторону повстанцев, и они обложили гарнизоны в Мбараре и Масаке, закрепились вдоль реки Катонга. В зонах контроля НРА на середину осени обитало 8 из 18 миллионов жителей страны. Тем не менее, особого выбора у Окелло в условиях настолько тяжелых не оставалось, и 17 декабря 1985 в Найроби по результатам "пистолетных переговоров" (как вспоминал один из участников, "их начали с обмена ругательствами"), как прозвали их повстанцы, под давлением кенийского президента Мои, было подписано соглашение о прекращении огня. Больших дивидендов это не принесло: чуть ли не сразу повстанцы, не доверявшие оппонентам, среди которых после формирования администрации оказались многие ближайшие соратники Оботе, порвали соглашение.
В конце января 1986 Мусевени подошел к столице, а сдача полуторатысячного гарнизона города Мбарара привела его к самой Кампале. Армия хунты находилась на стадии дезинтеграции, и общего командования у нее не было. 26 января повстанцы, объявив причиной своей активности "полный распад порядка и закона", вошли в столицу. 29 января Мусевени принес присягу в качестве президента, собравшиеся граждане реагировали, по сведениям очевидцев, с большим энтузиазмом.
Цифры ущерба от военных действий 80-х годов разнятся; в целом полагают, что 4 года второго правления Оботе обошлись стране в 50-200 тыс. убитых, медиана где-то около 100 тыс. Помимо собственно смерти граждан война повлекла тяжелые хозяйственные последствия: после войны в Тесо молодежь уж и забыла, как выращивать хлопок, главный местный злак, а район Луверо поразила мозаичная болезнь кассавы, отчего начался крупный голод.