В конце 80-х на территории Уганды окончательно оформился РПФ (руандийский патриотический фронт), организация, опиравшаяся в основном на беженцев-тутси и ставившая задачу свержения режима Хабьяриманы. Многие граждане из числа беженцев воевали за НРМ Мусевени в ходе гражданской войны в Уганде, добрались в его структуре до высоких постов, получили опыт ведения боевых действий и удачно использовали это. В октябре 1990 РПФ вторглась в Руанду из Уганды, начав с нескольких сотен бойцов, вскоре разрослась до 7000, а к 1994 году у них было 14000 человек. У повстанцев было хорошее вооружение, в основном советского образца, вплоть до РСЗО. Благодаря диаспоре организация создала себе хорошее паблисити в Африке, Европе и Америке, хотя РПФ известен своими жестокостями типа умышленной постановки мин под транспортные автобусы гражданских лиц, минированием потатовых грядок, насильной мобилизацией гражданского населения в качестве носильщиков и пастухов, так что правительство Руанды именовало их “африканский Кхмер Руж”, а его французские советники – “кхмер нуар”. В руандийской официальной пропаганде РПФ именовалась «иньензи» (“тараканы”).
Как уже было сказано, 1.10.90 начался новый раунд противостояния, ознаменованный расширением конфликта. В 2:30 около 50 повстанцев пришли из Уганды, расправившись для начала с погранпостом Кагитумба, а следом вошла основная масса, главным образом тутси-беженцы во втором поколении. Посол Руанды в Заире предсказал нападение незадолго до того, проанализировав активность общин экспатриатов. В деятельности РПФ остается много неясного, и ряд специалистов высказывает мнение, что во многом тогдашнее правительство Руанды использовало вторжение в своих интересах, излишне раздувая угрозу, саботируя процесс демократизации и маскируя собственные прегрешения под действия повстанцев. В пиковый момент инсургенты прошли более 60 км вглубь страны, однако оказались в отдалении от своих баз и вынуждены были к тому же разбираться с большим контингентом беженцев-тутси, которые последовали за военными силами в надежде на скорую победу. В конце октября их наступление окончательно выдохлось, при посредничестве Бельгии было заключено мирное соглашение, которое простояло до начала декабря, когда боевые действия возобновились.
Вплоть до июля 1991 война имела ограниченный характер, в течении последующих 12 месяцев перешла на качественно новый уровень, правительственной армии пришлось запрашивать поддержки у союзников, одно наступление отражено только при помощи элитной заирской пехоты, а после второго французский офицер направлял руандийскому начальству служебную записку о награждении французских военных местными наградами за заслуги при обороне района Рухенгери. Эти крупные инкурсии РПФ послужили поводом к интенсификации межобщинной розни, нападения на тутси начались через десять дней после первого события и почти сразу же – после второго. Летом 1992 начались переговоры правительства Руанды с РПФ, и организована под эгидой ОАЕ мониторинговая группа, однако, как это часто бывает в африканских войнах, это мало на что повлияло.
В феврале 1993 состоялась одна из крупнейших инкурсий (+600 участников), под лозунгом защиты прав тутси, подвергшихся прессингу в январе и не защищенных международным сообществом, и довольно успешная – до Кигали оставалось всего 25 км. Обе стороны использовали ведение боевых действий для решения своих задач, РПФ расправлялась с судьями, официальными лицами и т.д. на службе у правительства, а правительственная армия, пользуясь случаем, устраняла политических оппонентов Хабьяриманы. Французы настояли на прекращении огня и начале переговоров.
4 августа 1993 после нескольких фальшстартов в Аруше подписано очередное мирное соглашение. По его итогам предполагалось коалиционное правительство из шести партий, из 21 члена кабинета 5 тутси, во временном парламенте кандидаты от 17 партий, армия из соединенных сил РПФ и правительства, офицеров 40 к 60, всем беженцам возвращение, в 1995 свободные выборы, за обстановкой следит миротворческая наблюдательная миссия ООН (УНОМИР), потом, в октябре 1993, преобразованная в военную (УНАМИР). См. далее статьи геноцид в Руанде и гражданская война 1994-98 годов.
