Гражданская война середины 90-х в Руанде стала естественным продолжением предыдущей гражданской войны и последовавшего за ней геноцида 1994 года.
После геноцида 1994 года и победы РПФ над силами тогдашнего правительства Руанды конфликт, однако, только расширился. Хуту активно противодействовали новому режиму, опираясь на базы в Заире, куда бежала основная масса беженцев. Заирский лагерь Мугунга использовался как гнездовье “Интерахамве”, ставшей теперь главной боевой силой радикалов-хуту, а базой на территории Руанды служил район Гишвати. Приходившие с северо-запада повстанцы в основном расправлялись с уцелевшими тутси, весь 1995 и 1996 в стране постоянно происходили убийства больших и малых масштабов, особенно в провинции Гисеньи; другими зонами активности были провинции Рухенгери и Гитарама. Члены организации активно противодействовали возвращению беженцев, не желая терять тыловые базы в виде лагерей беженцев и резерв для пополнения. С ноября 1997 по февраль 1998 особенно сильна была конфронтация на северо-западе Руанды, конкретно в Рухенгери и Гисеньи, командовали инсургентами в основном бывшие офицеры правительственной армии, в том числе довольно высокопоставленные, и много было выходцев из родных мест Хабирияманы; однако с 1997 года начали во множестве появляться разочарованные жизнью при РПФ граждане. Имея тыловой зоной Масиси в Северном Киву и поддержку Заира, на пике активности повстанцы в состоянии были пробиваться в префектуры Гитарама, Кибийе и Большой Кигали, но не более того; с 1997 отмечалась нехватка оружия и боеприпасов, частично скрашенная такими мерами, как участие в гражданской войне в Конго-Браззавиль на стороне Сассу-Нгессо в обмен на оружейный транш, или массовый угон скота из Руанды в Заир с целью обмена местным солдатам на оружие. На войну наложился голод в конце 1997, охвативший Руанду, Судан и Африканский Рог. 5 из 9 провинций тяжко пострадали. Правительственная армия не стеснялась в средствах и часто расстреливала “живые щиты” из гражданских лиц вместе с прячущимися за них повстанцами. В следующем, 1998, году она предприняла мощные усилия по борьбе с корнями инсургенции, ей удалось выбить повстанцев в ДР Конго, ликвидировав непосредственную угрозу, но вместе с тем эта затея повлекла катастрофические последствия для всего региона, поскольку стала одной из главных причин гражданской войны в Заире.
