Переворот в 1999 году, один из многих в истории Гвинеи-Бисау, отличался от предыдущих тем, что на сей раз к власти пришли именно военные, и тем, что этот переворот повлек гражданскую войну.
7 июня 1998 уволенный из армии по обвинению в продаже оружия повстанцам в Казаманс бригадный генерал Ансумане Мане предпринял переворот, использовав недовольство солдат низкими зарплатами. Триггером стало то обстоятельство, что президент Виейра, ветеран войны за независимость, пришедший к единоличной власти в результате путча, предположительно, в целях укрепления своей личной власти, задумал Мане и еще десяток военных арестовать за поддержку казаманских сепаратистов.
Личная охрана генерала вступила в бой с посланными частями, а потом подняла два батальона; мятежники захватили казармы Бра, и ряд стратегически важных локаций, на их сторону перешла также охрана аэропорта. Мане провозгласил себя главой государства на правах главы «военной хунты по консолидации мира и справедливости» и призвал к свободным выборам в следующем месяце.
Сенегал вступился за Виейра, поскольку не желал прихода к власти дружественных Казамансу граждан, и ему помогала Гвинея, лидер которой Конте в давних дружеских отношениях с Виейра. В подавлении мятежа приняли участие около 1200 сенегальцев и 400 гвинейцев, однако затем против Виейра восстали даже и бывшие ветераны колониальной войны, не столько из любви к Мане, сколько против бедности страны и коррупции режима. За полтора месяца враждующие стороны не сумели добиться решительной победы, хотя и нанесли заметный ущерб столице, которую покинуло около 300 тыс. человек и большой процент дипломатов.
В конце июля при активном посредничестве региональных международных организаций было подписано соглашение о прекращении огня; 2 ноября в Абудже стороны подписали мирный договор; к тому времени, по оценкам, 99% правительственной армии дезертировало на сторону мятежников. В декабре премьером по соглашению сторон был назначен Франсиско Фадул, а места в кабинете делили поровну. В апреле были намечены новые выборы.
В феврале мирное соглашение едва не приказало долго жить, но тоголезским дипломатам удалось урегулировать ситуацию после недельных боев в столице, обошедшихся примерно в 35 убитых. 6 мая Мане предпринял внезапное нападение на оппонентов и преуспел; Виейра укрылся в иностранном посольстве, а потом бежал гвинейским армейским вертолетом к своему давнему другу Конте. В общей сложности погибло более 2000 человек.
